Wtedy to Niemcy, najprawdopodobniej 5 sierpnia, wywieźli Korczaka i sieroty, którymi się opiekował, do niemieckiego obozu zagłady w Treblince, na śmierć w komorze gazowej.

Historyk, profesor Michał Silberberg widział, jak Korczak i dzieci po raz ostatni idą ulicami Warszawy. - Na czele tego pochodu z laską w ręku, w ciężkich wojskowych butach kroczył ich ojciec, stary doktór. Ukryty w kamienicy na rogu Smoczej i Nowolipek widzę po raz ostatni twarz doktora Korczaka i te dziecięce twarzyczki. Z zawieszonymi plecakami powoli, krok za krokiem, idą w słońcu i w ciszy - wspomina prof. Silberberg.

22 lipca 1942 roku ogłosili rozpoczęcie akcji przesiedlenia zamkniętych w warszawskim getcie Żydów "na Wschód". W rzeczywistości byli oni wywożeni do niemieckiego obozu zagłady w Treblince, gdzie zabijano ich w komorach gazowych. Likwidacja getta była częścią rozpoczętej wiosną 1942 roku operacji "Reinhardt", której celem było wymordowanie wszystkich Żydów w Generalnym Gubernatorstwie.

W ciągu dwóch miesięcy, do 21 września 1942 roku, Niemcy wywieźli do Treblinki nie mniej niż 254 tysiące warszawskich Żydów. Wśród nich był Janusz Korczak, wybitny pedagog, pisarz, działacz społeczny i lekarz. Zginął w komorze gazowej wraz ze swymi wychowankami z sierocińca w sierpniu 1942 roku. Getto warszawskie zostało ostatecznie zlikwidowane i zrównane z ziemią przez Niemców 16 maja 1943 roku. Niemieccy okupanci po zdławieniu tam powstania wysadzili w powietrze Wielką Synagogę przy ulicy Tłomackie. Akcją dowodził generał SS Jürgen Stroop. Nakazał podpalanie wszystkich schronów, bunkrów i kryjówek. To było prawdziwe piekło - mówili wiele lat później anonimowi świadkowie tamtych wydarzeń.

Na terenie zlikwidowanego getta Niemcy przeprowadzali masowe egzekucje mieszkańców Warszawy - polskich więźniów politycznych oraz Żydów schwytanych po tak zwanej aryjskiej stronie. Od lata 1943 roku w okolicach ulicy Gęsiej funkcjonował niemiecki obóz koncentracyjny - KL Warschau.