Jednostka zatonęła na Bałtyku 28 września 1994 roku. Zginęły 852 osoby, a 138 udało się uratować.

Dwa lata później ponad tysiąc osób, bliskich ofiar, pozwało francuskie towarzystwo klasyfikacyjne Bureau Veritas - sprawujące nadzór nad M/S Estonia oraz niemiecką stocznię Meyer, która prom zbudowała. Rodziny ofiar katastrofy, domagały się łącznie ponad 40 milionów euro odszkodowania. Zdaniem francuskiego sądu, pozwane firmy nie przyczyniły się do zatonięcia promu Estonia. Uzasadnienie dzisiejszego orzeczenia liczy ponad 500 stron. Wyrok nie jest prawomocny.

Według oficjalnego raportu szwedzko-fińsko-estońskiej komisji, z 1997 roku, przyczyną katastrofy Estonii były wady konstrukcyjne furty dziobowej promu. Wrak statku spoczywa niedaleko fińskiej wyspy Utö. Rząd Szwecji zabronił nurkowania w jej okolicy. Miejsce to jest stale monitorowane przez fińską straż przybrzeżną.