Spółka podzieliła modernizację tej trasy na kilka etapów. Podczas części prac ruch pociągów ma być prowadzony tylko po jednym torze, a składy mają się mijać na stacjach.

Jednak PKP PLK zakłada także, że przez pewien czas niektóre odcinki tej linii będą całkowicie nieprzejezdne. Chodzi o kilkadziesiąt kilometrów trasy pomiędzy stacjami Września i Konin, które podczas wymiany torów muszą zostać zamknięte dla ruchu. To oznacza utrudnienia dla pasażerów jadących np. ze Szczecina do Warszawy.

W tym czasie wszystkie pociągi dalekobieżne, które na co dzień kursują na tej linii, będą musiały jechać objazdami: przez Gniezno albo Toruń i Inowrocław. Z pierwszych szacunków wynika, że wydłuży to podróż nawet o 50 minut. Teraz najszybszy pociąg pokonuje trasę Szczecin-Warszawa w nieco ponad pięć godzin.

Utrudnienia w związku z gruntowną modernizacją rozpoczną się w przyszłym roku i mogą potrwać nawet dwa lata.