Konfesjonał to jedno duże pomieszczenie znajdujące się w łączniku przy kościele. Przed wejściem ustawione są krzesełka na których wierni mogą poczekać.

- Ogłosiliśmy, że jest taka możliwość, że nie trzeba się bać wchodząc do konfesjonału "po kimś". Nie trzeba dotykać tych samych elementów; ksiądz wychodzi po penitenta, wprowadza go, prosi, by usiadł na krześle, wyprowadza, otwiera przed nim drzwi, zamyka za nim; nie ma żadnego niebezpieczeństwa - zapewnia proboszcz parafii, ks. Jarosław Staszewski.

Bezpieczna spowiedź w Sanktuarium Najświętszego Serca Pana Jezusa w Szczecinie możliwa jest w godz. 6-19 w dni powszednie i 7-21 w niedziele.