Jan Ekier był redaktorem naczelnym Wydania Narodowego Dzieł Fryderyka Chopina, a także wielokrotnym jurorem Konkursów Chopinowskich w Warszawie.

W 2000 roku prezydent Aleksander Kwaśniewski odznaczył go Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.

Cztery lata później profesor otrzymał nagrodę specjalną Ministra Kultury, a w roku 2010 prezydent Bronisław Komorowski wręczył mu Order Orła Białego.