Rada Nadzorcza portu powołała do pełnienia obowiązków zarządu profesora Stanisława Iwana z Politechniki Morskiej. W najbliższym czasie ma zostać ogłoszony konkurs na prezesa portu.

Zarząd Morskich Portów Szczecin Świnoujście to spółka akcyjna, w której większościowe udziały ma Skarb Państwa, a także niewielkie miasta Szczecin i Świnoujście. Zajmuje się zarządzaniem terenami portowymi, przeładunkami zajmują się firmy prywatne.