Piłkarz podpisał nowy trzyletni kontrakt ze szczecińskim klubem z możliwością przedłużenia umowy o kolejny rok.
20-letni pomocnik jest wychowankiem Pogoni. W granatowo-bordowych barwach rozegrał w ekstraklasie 25 spotkań, w których strzelił jednego gola. Sebastian Kowalczyk obecnie wraz z kolegami z drużyny przebywa na zgrupowaniu Pogoni w Turcji gdzie przygotowuje się do rozgrywek o mistrzostwo Polski.