Zep w szczecińskim klubie pracuje od marca ubiegłego roku z młodymi zawodnikami Akademii Pogoni. Latem rozpoczął współpracę także z zespołem trenera Kosty Runjaića. Wcześniej Wojciech Zep pracował w Lechu Poznań i Legii Warszawa.

Od 9 lat jest także członkiem zespołu medycznego PZPN odpowiedzialnym za standaryzację żywienia i suplementacji piłkarzy różnych kategorii wiekowych reprezentacji Polski.

W sztabie szkoleniowym trenera polskiej kadry jednym z trzech asystentów został Kamil Potrykus, który z Czesławem Michniewiczem pracował także w Pogoni Szczecin.