Ma to związek z długami, jakie stworzyło poprzednie stowarzyszenie działające pod nazwą Kotwica i klub występujący jeszcze w 2025 roku w I lidze. Jeden z zawodników zagranicznych oczekiwał, że to nowy podmiot spłaci zadłużenie powstałe na skutek niewypłacenia kontraktu.

FIFA obrała stronę piłkarza, natomiast sam klub wystosował pismo do zawodnika, wskazując, że nie jest prawnym spadkobiercą MKP Kotwica. Gdy piłkarz wycofał swoje roszczenia, także FIFA zdjęła zakaz z kołobrzeskiego klubu.

MKS Kotwica z nowym zarządem i drużyną odbudowuje tradycje piłkarskie w Kołobrzegu, a po sezonie spędzonym w klasie okręgowej zespół awansował do IV ligi.