Rezygnacja Nowaka zbiegła się w czasie z ogłoszeniem Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie o wszczęciu śledztwa w sprawie podsłuchanej rozmowy między byłym wiceministrem finansów Andrzejem Parafianowiczem a byłym ministrem transportu Sławomirem Nowakiem. Sprawę opublikował tygodnik "Wprost".

Według prokuratora generalnego Andrzeja Seremeta, rozmowa Nowaka z Parafianowiczem wskazuje na dostateczne prawdopodobieństwo, że doszło do przestępstwa polegającego na zablokowaniu przez Parafianowicza trwającej kontroli skarbowej u żony Nowaka.

Prokuratura dostrzega jeszcze dwa aspekty całej sprawy opublikowanej przez "Wprost". To ewentualna odpowiedzialność osób, które dokonały tego podsłuchu. Zakładanie podsłuchów jest nielegalne. Czekamy na wniosek od osób pokrzywdzonych - powiedział Andrzej Seremet. Drugi wątek to kwestie wynikające z rozmowy Bartłomieja Sienkiewicza i Marka Belki. Informacje na ten temat nie stwarzają dla prokuratury uzasadnionego podejrzenia popełnienia przestępstwa przez któregoś z rozmówców.