Kociołek był oskarżony w procesie w sprawie masakry robotników na Wybrzeżu w grudniu 1970 r. - m.in. razem z gen. Wojciechem Jaruzelskim oraz dowódcami wojska i milicji. Zarzuty dotyczące Kociołka dotyczyły tego, że 16 grudnia 1970 r. jako wicepremier w telewizyjnym wystąpieniu nakłaniał robotników strajkujących w Gdyni do powrotu do pracy, choć miał wiedzieć, że następnego dnia rano stocznia będzie "zablokowana" przez wojsko. 16 grudnia na stacji kolejki miejskiej pod stocznią zginęło kilkanaście osób, które miały usłuchać apelu wicepremiera.

Sądy prawomocnie uniewinniły Kociołka uznając, że nie da się wykazać, iż jego działania przyczyniły się do tragedii. W kwietniu tego roku uniewinnienie uchylił Sąd Najwyższy nakazując ponowny proces przed sądem w Gdańsku, który miałby wykazać czy wicepremier wzywając robotników do pracy godził się z możliwymi skutkami działań wojska.

Wobec śmierci oskarżonego, postępowanie w jego sprawie będzie umorzone.

Stanisław Kociołek zmarł 1 października 2015 roku.