Łączność z kontenerowcem stracono 1 października. Załoga alarmowała wówczas, że jednostka nabiera wody i przechyla się na bok. Od tego czasu utracono z nią radiowy kontakt. W tym czasie El Faro znalazł się w rejonie wysp Bahama, gdzie szalał huragan Joaquin. Statek płynął z Florydy do stolicy Porto Rico.

Specjaliści z amerykańskiego ratownictwa poinformowali, że zlokalizowany został mostek kapitański, który jest oddzielony od głównego wraku. Znajduje się on około półtora kilometra od pozostałych części statku. Nie udało się jednak na trafić na ślad czarnej skrzynki, która mogłaby bardzo dużo pomóc w wyjaśnianiu szczegółów katastrofy.

Poszukiwania w dalszym ciągu będą prowadzone. Wrak El Faro znajduje się na głębokości pięciu kilometrów.