W zidentyfikowaniu jednostki pomogły specjalne sonary głębinowe.

W ostatni weekend media w Stanach Zjednoczonych podawały, że wrak statku najprawdopodobniej został znaleziony oraz że może to być "El Faro". Wtedy jednak nie było to jeszcze pewne na sto procent.

Łączność z kontenerowcem stracono 1 października. Załoga alarmowała wówczas, że jednostka nabiera wody i przechyla się na bok. Od tego czasu utracono z nią kontakt radiowy.

W tym czasie "El Faro" znalazł się w rejonie wysp Bahama, gdzie szalał huragan "Joaquin". Statek płynął z Florydy do stolicy Puerto Rico.