Funkcja należy do jednej z najważniejszych w amerykańskiej polityce obronnej i międzynarodowej. Dwa lata temu obecny prezydent Barack Obama zwolnił Flynna z Agencji Wywiadu Wojskowego, którą kierował. Od tego czasu krytykował on Obamę, a w kampanii wyborczej poparł Donalda Trumpa.

Prezydent elekt uważa, że Flynn ma doświadczenie, kompetencje i umiejętności w kwestiach związanych z bezpieczeństwem narodowym. Trump bagatelizuje fakt, że generała krytykowano w przeszłości za to, że występował jako ekspert w kremlowskiej stacji telewizyjnej "Russia Today". Przekonuje, że współpraca z Moskwą jest niezbędna w przypadku walki z terroryzmem, a muzułmańscy radykałowie stanowią poważne zagrożenie dla Ameryki i dla świata.