Proces toczył się za zamkniętymi drzwiami. Zeznawała m.in. pokrzywdzona kobieta, która jest oskarżycielem posiłkowym w tej sprawie. Sędziowie przesłuchali też - drogą wideokonferencji - biegłych, którzy wydawali opinie psychologiczne dotyczące pokrzywdzonej.

Czesław Jerzy Małkowski został zatrzymany na początku 2008 roku i w listopadzie tego samego roku odwołany w referendum z funkcji prezydenta Olsztyna. W 2011 rozpoczął się proces przed Sądem Rejonowym w Ostródzie i w 2015 Małkowski został skazany na 5 lat więzienia. Sąd zakazał mu też przez 6 lat sprawowania kierowniczych stanowisk w jednostkach samorządu terytorialnego.

Były prezydent Olsztyna został wówczas uznany za winnego zgwałcenia urzędniczki, która była w ostatnich tygodniach ciąży oraz usiłowania gwałtu. Z powodu przedawnienia umorzone zostały zarzuty dotyczące molestowania podwładnych.

Po apelacji, zarówno prokuratury jak i obrońcy Małkowskiego, elbląski Sąd Okręgowy uchylił wyrok i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia przez sąd w Ostródzie. Jednak Sąd Najwyższy zdecydował, że ponowny proces Czesława Jerzego Małkowskiego będzie się toczył w Olsztynie.