Jednostka prowadzi postępowania dotyczące transgranicznych nadużyć finansowych na szkodę Unii Europejskiej.

Chodzi między innymi o fundusze unijne oraz transgraniczne oszustwa związane z podatkiem VAT. Prokuratura Europejska współpracuje z odpowiednimi instytucjami, między innymi organami podatkowymi i celnymi państw członkowskich.

Obecnie polskie organy ścigania prowadzą współpracę z Prokuraturą Europejską jedynie na poziomie technicznym. Zacieśnienie współpracy umożliwi kompleksowe przeprowadzenie krajowych postępowań w sprawach o wymiarze transgranicznym.