Sąd odwoławczy uznał go za winnego znieważenia rodzin korzystających z metody in vitro, jednak złagodził karę wyznaczoną przez sąd pierwszej instancji. Duchownemu prowadzącemu tak zwaną pustelnię w Grzechyni, proces wytoczyli rodzicie dzieci urodzonych dzięki metodzie in vitro.

Pełnomocnik pozwanego adwokat Paweł Szota powiedział, że proces toczył się z wyłączeniem jawności, dlatego uzasadnienie decyzji sądu odwoławczego nie jest znane.

Za porównanie dzieci urodzonych dzięki metodzie in vitro do zwierząt, w sądzie pierwszej instancji duchowny otrzymał karę 300 godzin prac społecznych oraz zadośćuczynienie 20 tysięcy złotych na Stowarzyszenie na rzecz Leczenia Niepłodności i Wspierania Adopcji "Nasz Bocian".

Suspendowany ksiądz stwierdził wtedy, że nie zapłaci stowarzyszeniu i odwołał się od wyroku. Sąd drugiej instancji zmienił karę i postanowił, że Piotr Natanek musi zapłacić 15 tysięcy złotych, ale na Polski Czerwony Krzyż, a zamiast 300 godzin prac społecznych nałożył na niego 20 tysięcy złotych grzywny.

Suspendowany ksiądz Natanek, ani oskarżyciele posiłkowi nie pojawili się w sądzie.

Księdzu Piotrowi Natankowi w 2001 roku ówczesny metropolita krakowski Stanisław Dziwisz zakazał odprawiania Mszy Świętej i udzielania sakramentów. Mimo nałożonej suspensy ksiądz Piotr Natanek, nadal gromadzi w samowolnie wybudowanej pustelni w Grzechyni grupę swoich zwolenników.