Na realizację Programu MON przeznaczył 1,84 miliarda złotych. NIK wykazała, że nie były to dobrze wydane pieniądze. Najpoważniejsze zarzuty dotyczyły kluczowej dla programu instytucji - Zakładu Inwestycji Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego, podlegającego ministrowi obrony. Pracowały tam osoby bez kwalifikacji do wykonywania nadzoru budowlanego, wobec czego instytucja sięgała po firmy zewnętrzne. Nie była jednak w stanie kontrolować jakości zastępczego inwestora, bo nie zatrudniał fachowców z odpowiednimi kwalifikacjami.

W efekcie armia do dziś nie ukończyła wielu budów w tym kluczowych dla lotnictwa. Dotyczy to na przykład składu paliwa i smarów na lotnisku w Malborku, który miał być sfinalizowany już 6 lat temu. Początkowo planowana wartość inwestycji podwoiła się, a przestoje na placu budowy kosztowały podatnika 2,5 miliona złotych. Podobnie było podczas budowy identycznej instalacji w bazie polskich F-16 na poznańskich Krzesinach.

Inspektorzy NIK odkryli, że o istnieniu nieprawidłowości minister obrony był informowany dwukrotnie przez własne komórki zajmujące się kontrolą.