Prawy obrońca występuje w portowym klubie od 2019 roku. W Pogoni 29-letni zawodnik rozegrał 58 spotkań, w których zdobył 1 gola. W obecnym sezonie ekstraklasy wystąpił w 17 meczach i raz wpisał się na listę strzelców zdobywając gola w starciu ze Śląskiem Wrocław.

Nowy kontrakt Jakuba Bartkowskiego oznacza, że z Pogoni po tym sezonie odejdzie inny prawy obrońca David Stec, który ma ważną umowę do końca czerwca.