Skomponował muzykę do ponad 70 filmów długometrażowych i dokumentalnych oraz polskich i amerykańskich spektakli teatralnych.

W 2005 roku został laureatem Oscara za muzykę do filmu "Marzyciel". Za kompozycję muzyczną do tego obrazu otrzymał też nagrodę National Board of Review dla najlepszego kompozytora oraz nominacje do Złotego Globu i nagrody Brytyjskiej Akademii Filmowej BAFTA.

Był dyrektorem i twórcą Międzynarodowego Festiwalu Filmu i Muzyki Transatlantyk, odbywającego się w Poznaniu, Łodzi i na Śląsku.

Przez 27 lat mieszkał i pracował w Los Angeles. Punktem zwrotnym w jego życiu, jak mówił, był okres intensywnej współpracy z teatrem Jerzego Grotowskiego. Pisał muzykę do Teatru Ósmego Dnia, a później dla stworzonego przez siebie zespołu kameralnego - Orkiestry Ósmego Dnia.

W 1982 roku, po swoim pierwszym tournee po Stanach Zjednoczonych, nagrał dla niezależnej chicagowskiej wytwórni Flying Fish Records pierwszy, debiutancki album "Music For The End". W 1989 roku, po nagraniu kolejnych płyt oraz po licznych koncertach w Europie pozostał na stałe w USA.

Zdobył dwie prestiżowe nagrody New York Theatre za muzykę do spektaklu "Tis' Pity She a Whore". Wyreżyserował multimedialne przedstawienia "Waiting for Halley´s Comet", "One Man Symphony" and "Tower of Babel".

Skomponował muzykę do obrazów: "Całkowite zaćmienie", "Bliss ", "Washington Square ", "Aimée & Jaguar", " Trzeci cud ", " Stracone Dusze ", "Quo Vadis " i do "Niewiernej ", uznaną za jedno z największych osiągnięć w dziedzinie muzyki filmowej ostatnich lat.

W 2002 roku otrzymał nagrodę "Skrzydeł" za "za szczególne osiągnięcia w dziedzinie sztuki filmowej poza Polską, za rozwinięcie skrzydeł w świecie" na Festiwalu Filmu Polskiego w Ameryce.

Autor "Kantaty o Wolności", skomponowanej dla upamiętnienia obchodów 25. rocznicy NSZZ Solidarność. W 2011 roku odbyła się prapremiera jego utworu "Koncert Jankiela" na troje cymbałów i orkiestrę, napisanego z okazji 200-lecia wydarzeń nakreślonych w Panu Tadeuszu Adama Mickiewicza. Autor "Universa - Opera Otwarta", utworu skomponowanego z okazji obchodów 650 - lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego.

W 2021 roku, podczas ceremonii odznaczania zasłużonych Wielkopolan, Jan A.P. Kaczmarek znalazł się na liście wyróżnionych Medalem Stulecia Odzyskanej Niepodległości. W ubiegłym (2023) roku odsłonięto gwiazdę kompozytora w Alei Gwiazd w Krakowie oraz w Alei Gwiazd w Łodzi.