Skomponował muzykę do ponad 70 filmów długometrażowych i dokumentalnych oraz polskich i amerykańskich spektakli teatralnych, między innymi "Całkowite zaćmienie", "Stracone Dusze ", "Quo Vadis", "Niewierna" oraz "Mój przyjaciel Hachiko", "Dzieci Ireny Sendlerowej" i "Magnezja". W 2005 roku został laureatem Oscara za muzykę do filmu "Marzyciel". Za kompozycję muzyczną do tego obrazu otrzymał też nagrodę National Board of Review dla najlepszego kompozytora oraz nominacje do Złotego Globu i nagrody Brytyjskiej Akademii Filmowej BAFTA.
Jan A.P. Kaczmarek był dyrektorem i twórcą Międzynarodowego Festiwalu Filmu i Muzyki Transatlantyk, odbywającego się w Poznaniu, Łodzi i na Śląsku.
Przez 27 lat mieszkał i pracował w Los Angeles. Punktem zwrotnym w jego życiu, jak mówił Jan A.P. Kaczmarek, był okres intensywnej współpracy z teatrem Jerzego Grotowskiego. Pisał muzykę do Teatru Ósmego Dnia, a później dla stworzonego przez siebie zespołu kameralnego - Orkiestry Ósmego Dnia.