Wizyta u cesarza Japonii Naruhito miała charakter prywatny. Trwała pół godziny. Papież Franciszek podarował cesarzowi mozaikę przedstawiającą rzymski Łuk Tytusa.

W tokijskiej katedrze miało zaś miejsce spotkania z japońską młodzieżą, nie tylko wyznania katolickiego. Młodzi ludzie dzielili się z papieżem swoimi problemami. Franciszek odniósł się do problemu przemocy w szkole i znęcania się nad słabszymi. Zaapelował do młodych ludzi o wstawianie się za słabszymi, a mobbing nazwał złem. Zwrócił też uwagę na jeden z problemów japońskiego społeczeństwa, jakim jest pośpiech i rywalizacja. Ludzi żyjących wyłącznie według takich zasad porównał do „zombie” i zaapelował o walkę z „duchowym ubóstwem”.