Pierwotnie Muzeum powstało jako muzeum regionalne. Podstawą zbiorów stały się zabytki archeologiczne pochodzące z wykopalisk na terenie wczesnośredniowiecznego Kołobrzegu prowadzonych przez prof. Lecha Leciejewicza oraz kilkanaście zabytków pochodzących z przedwojennego muzeum wydobytych z gruzów przez zasłużonego działacza krajoznawstwa Jana Frankowskiego.

Muzeum zlokalizowano w odbudowanej specjalnie w tym celu XV- wiecznej kamieniczce przy ul. ppor. Emilii Gierczak 5. Początkowo planowano nadać placówce charakter historyczno-miejski, później historyczno-morski. Ostatecznie w 1966 r. zdecydowano się na profil historyczno-wojskowy.

To jedyne w Polsce muzeum posiadające Skansen Morski i Muzeum Zimnej Wojny Podborsko 3001. Ostatnio do SYBIRACKIEGO WAGONU PAMIĘCI, dołączono wystawę w 80-tą rocznicę odkrycia dołów śmierci w Katyniu: "Zbrodnia nie ukarana. Katyń 1940."