Muzeum Regionalne im. Andrzeja Kaubego w Wolinie otwarto 22 lipca 1966, w dniu Narodowego Święta Odrodzenia Polski. Pierwsza wystawa stała prezentowała dzieje Wolina w IX–XII w., a stworzyli ją naukowcy z Instytutu Historii Kultury Materialnej PAN (obecnie Instytut Archeologii i Etnologii PAN) wraz z pracownikami Muzeum Pomorza Zachodniego w Szczecinie (obecnie Muzeum Narodowe w Szczecinie).
W latach 1968–1992 kierownikiem, a następnie dyrektorem muzeum był archeolog i fotografik Andrzej Kaube (od 1993 placówka nosi jego imię).