Po kampanii wrześniowej 1939 roku. Trafił do niewoli sowieckiej. Odmówił wstąpienia do Armii Czerwonej, za co w więzieniach spędził blisko dwa lata.

Na wolność wyszedł w 1941 roku dzięki podpisaniu polsko-sowieckiego porozumienia wojskowego Sikorski-Majski. Po wojnie, na antenie Radia Wolna Europa, generał Anders wspominał to spotkanie.

- Byłem już, co prawda, ogolony i dali mi koszulę; szedłem o kulach i z wielkim trudem. Tym razem wszystko odbywało się inaczej: prowadzą mnie grzecznie, nikt mi nie wykręca rąk, nikt nie popycha. Korytarze, biura, dywany... Wreszcie elegancki gabinet i dwóch panów w cywilnych ubraniach. "Ja jestem Beria, ja jestem Merkułow. Jak się pan generał czuje? Czy napije się pan herbaty?". Na moje pytanie, czego sobie życzą odpowiedź: "Jest pan wolny" - wspominał.

Generał Anders przez lata konsekwentnie domagał się ujawnienia prawdy o zbrodni katyńskiej. Tworząc armię w ZSRR prowadził poszukiwania polskich oficerów więzionych wcześniej w obozach w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie, jak się później okazało - ofiar NKWD. Władysław Anders pozostał na uchodźstwie w Londynie.

W 1946 roku komunistyczne władze pozbawiły go polskiego obywatelstwa. Na emigracji cieszył się wielkim szacunkiem rodaków. Był przeciwnikiem porządku jałtańskiego narzuconego ojczyźnie. Potępiał próby kompromisu z komunistami, co podkreślał w swoich wystąpieniach.

- Walczyliśmy o szczęście narodu polskiego. Wiemy, że dziś naród polski jest z nami, naród wierzący w Boga, wierzący w sprawiedliwość, mający wiarę i nadzieję. Ale rządzony jest przez komunistów. A komunizm to nie jest prawda, to nie jest honor, to nie jest dobroczynność. Te słowa są tam wyrzucone - analizował gen. Anders.

Zgodnie z jego wolą został pochowany wśród swoich żołnierzy na Polskim Cmentarzu Wojennym na Monte Cassino we Włoszech, jednym z najważniejszych miejsc pamięci narodowej.