Władze ostrzegają przed niebezpieczeństwem epidemii.

Przyczyną jej wybuchu mogą być dziesiątki tysięcy zwierząt, które zginęły podczas potopu. Padlina - najczęściej domowych zwierząt pozostawionych przez właścicieli podczas potopu - rozkłada się i może być przyczyną wielu groźnych chorób. Na razie władze m.in. Bośni i Hercegowiny ostrzegają mieszkańców przed jedzeniem owoców i warzyw z zalanych ogrodów czy piciem wody, która może być skażona. Przynajmniej milion osób ma problemy z dostępem do czystej wody.

Niebezpieczeństwem są również miny. Potop wypłukał dużą część ze stu tysięcy ładunków z pól minowych, które wciąż leżały zakopane w ziemi po wojnie w byłej Jugosławii. Służby ostrzegają, że mogą być one wciąż niebezpieczne dla mieszkańców. W Serbii i Chorwacji ewakuowano z domów ponad 100 tysięcy osób.