Prezydencki projekt ustawy o nasiennictwie wzbudza wiele kontrowersji. Jego przeciwnikom nie podoba się to, że w trakcie prac sejmowych do projektu ustawy wprowadzono przepisy umożliwiające obrót nasionami wpisanymi do europejskiego rejestru, w tym GMO.

Wprowadzenie tych zapisów uzasadniono groźbą unijnych kar dla Polski za brak takiego unormowania. Uwzględniono jednak także propozycję rządu, zgodnie z którą Rada Ministrów może wydać rozporządzenie zakazujące uprawy GMO. Minister rolnictwa Stanisław Kalemba zapowiedział , że w rozporządzeniu do ustawy o nasiennictwie Polska zakaże uprawy modyfikowanej genetycznie kukurydzy i ziemniaków.

Apele do prezydenta o weto do tej ustawy wystosowały: Ruch Palikota, SLD i Solidarna Polska.