Poszukiwania czarnej skrzynki zajęły ponad pół roku. Zlokalizował ją zdalnie sterowany robot podwodny.

W oficjalnym komunikacie komisji badającej przyczyny zatonięcia statku podkreślono, że rejestrator rejsu powinien odpowiedzieć na pytanie, dlaczego doszło do katastrofy. Zapisały się na nim m.in. wszystkie głosy członków załogi znajdujących się na mostku kapitańskim.

Łączność z kontenerowcem stracono 1 października. Załoga alarmowała wówczas, że jednostka nabiera wody, straciła napęd i przechyla się. Od tego czasu zerwał się z nią kontakt radiowy. Statek "El Faro" znajdował się wtedy w rejonie wysp Bahama, gdzie szalał huragan "Joaquin".

Statek płynął z Florydy do stolicy Portoryko. Jego wrak odnaleziono na dnie oceanu po dwóch tygodniach. W wyniku prowadzonego śledztwa stwierdzono, że polscy marynarze nie ponoszą odpowiedzialności za zatonięcie amerykańskiego kontenerowca.