Duchowny miał molestować dzieci w prowadzonym przez siebie w latach 90. ośrodku. Księdzem był przez 32 lata. Z funkcji dyrektora Instytutu w lutym odwołał go abp Andrzej Dzięga. W 2008 roku skazał go Trybunał Kościelny kurii szczecińsko-kamieńskiej, orzekł go winnym molestowania nieletnich. Od tej decyzji ksiądz Dymer odwołał się. Apelacją zajmowała się kuria metropolitalna w Gdańsku. Jak ujawnił kwartalnik "Więź", arcybiskup Sławoj Leszek Głódź przez 9 lat nie wyznaczył terminu apelacji. Stało się to dopiero w 2017 roku. Cały materiał dowodowy został zebrany i w najbliższym czasie miał zostać ogłoszony prawomocny wyrok ws. duchownego.

Ks. Andrzej Dymer tworzył struktury szkół katolickich w archidiecezji szczecińsko-kamieńskiej. Zaangażowany był też m.in. w remont szpitala św. Karola Boromeusza w Szczecinie.

Na koniec swojego życia zmagał się z ciężką chorobą nowotworową. Miał 58 lat.