Obiekt został zburzony przez władze radzieckie w 1952 roku. Dziś została tam odprawiona uroczysta msza święta celebrowana przez metropolitę wileńskiego arcybiskupa Gintarasa Grušasa i metropolitę łódzkiego kardynała Grzegorza Rysia.

Kościół świętych Apostołów Piotra i Pawła w Wilnie jest nazywany często perłą baroku wileńskiego. Świątynia jest jedną z najważniejszych w litewskiej stolicy. Miejsce to odwiedzają też licznie turyści. Oficjalnym powodem zburzenia kaplicy była budowa w tym miejscu ronda, które istnieje do dzisiaj.

Jak mówi Polskiemu Radiu proboszcz parafii św. Apostołów Piotra i Pawła w Wilnie, ks. Wojciech Górlicki, nowa kaplica będzie taka sama jak ta, która została zniszczona. Różnicę stanowić będzie jedynie dodatkowy napis, który się na niej znajdzie.

"Każdy kto będzie przechodził w pobliżu, będzie mógł przeczytać słowa św. papieża Jana Pawła II, które wypowiedział w 1993 roku na wileńskim cmentarzu na Antokolu" - wyjaśnia duchowny. Chodzi o słowa: "Panie, nie dopuść, aby bracia w wierze zostali podzieleni z powodu języka, kultury, narodowości czy gwałtownych namiętności". Słowa te zostaną wyryte na cokole po litewsku, polsku i angielsku. Ks. Wojciech Górlicki zwraca uwagę, że odbudowa tego obiektu jest bardzo ważna dla wszystkich mieszkańców Wilna.

"Nie da się ukryć, że pobożność dzisiaj nie jest tak gorąca jak dawniej. Kaplica, którą będą widzieć tutaj wszyscy przejeżdżający kierowcy czy przechodzący tędy ludzie być może będzie przypominała im też o sprawach duchowych" - dodaje proboszcz. Budowa kaplicy ma zostać ukończona w ciągu najbliższych miesięcy.

Kościół św. Apostołów Piotra i Pawła w Wilnie powstawał w XVII i XVIII wieku. W jego wnętrzu można podziwiać ponad dwa tysiące białych figur stiukowych. Pierwsze wzmianki o kaplicy pochodzą z pierwszej połowy XVIII wieku. Na podstawie starych rycin oraz przedwojennych zdjęć wiadomo, że był to ceglany, dwupoziomowy obiekt, zbudowany w stylu barokowym.