Był on pierwszym i najdłużej istniejącym obozem koncentracyjnym na terenach wchodzących w skład obecnej Polski. Stanowił jedno z głównych miejsc służących do masowej eksterminacji ludności na obszarze okręgu Rzeszy Gdańsk - Prusy Zachodnie. W czerwcu 1944 roku został uwzględniony w realizacji "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej", nabrał więc charakteru obozu masowej zagłady.

Łącznie przez obóz przeszło około 110 tysięcy więźniów, obywateli 28 krajów, w tym 49 tysięcy kobiet i dzieci. Liczbę ofiar ocenia się na 63-65 tysięcy ludzi, w tym 28 tysięcy Żydów.

Pierwszą grupę Polaków z Gdańska hitlerowcy przywieźli do obozu 2 września 1939 roku. Znaleźli się w niej kolejarze wyciągnięci przez gestapo prosto z miejsc pracy. Jednym z nich był Antoni Beling, dyżurny ruchu ze stacji Gdańsk Główny.

- Pędzono nas na plac, gdzie zauważyliśmy szereg namiotów. Na tym placu zaczęto nas "witać". Kazano nam robić zmianę: padnij-powstań i przysiady. Kto nie mógł nadążyć, to "pomagano" mu biciem. Najbardziej przykre było to, że w naszym gronie byli też starcy, którzy także przechodzili musztrę - opowiadał Beling na antenie Polskiego Radia w 1970 roku.

Dwa lata temu swój pobyt w obozie wspominała Elżbieta Kostrzewa z Warszawy. Trafiła tam po upadku upadku Powstania Warszawskiego. - Bardzo dokuczył mi wiatr morski. Budzili nas o 4 rano i już musiałyśmy stać na apelu, chociaż liczenie więźniów było ok. godziny 8. Robiłyśmy więc sobie nawzajem masaże pleców: stojąca z tyłu klepała tę z przodu. Musiałyśmy jakoś rozgrzać sobie plecy, bo wiatr morski wbijał się w nie niczym szpilki - opowiadała Kostrzewa.

Ewakuacja obozu rozpoczęła się w styczniu 1945 roku, drogą lądową i morską, w związku ze zbliżaniem się frontu wschodniego. Na trasę "marszu śmierci" wyszło łącznie ponad 11 tysięcy osób. Ludzie umierali z wycieńczenia, mrozu i od okrutnego traktowania strażników. 9 maja 1945 roku wojska armii radzieckiej wkroczyły na teren obozu Stutthof. Znajdowało się tam jedynie około 140 więźniów oraz ponad 20 tysięcy osób ewakuowanych na teren obozu z Prus Wschodnich.

Po wojnie w procesach przeciwko byłym zbrodniarzom KL Stutthof, sądzono 85 członków załogi, łącznie z komendantem i obozowymi kapo. Zapadło kilkanaście wyroków śmierci oraz kary od kilku miesięcy więzienia do dożywocia.