19 października 1984 roku kapłan został uprowadzony przez funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, którzy skatowali księdza, a następnie na tamie we Włocławku, w worku obciążonym kamieniami wrzucili do Wisły.

Kapłan zasłynął organizacją "Mszy za Ojczyznę" na stołecznym Żoliborzu, gdzie wygłaszał płomienne kazania. Błogosławiony ksiądz Jerzy Popiełuszko wydawał się władzom PRL zagrożeniem dlatego, że potrafił gromadzić wokół siebie tłumy - mówi autorka biografii księdza Popiełuszki, dr Milena Kindziuk z UKSW. "Władze obawiały się utraty rządu dusz nad Polakami. Po tych mszach za Ojczyznę, ksiądz Jerzy był prześladowany, inwigilowany, właśnie przez to, że gromadził tłumy ludzi" - powiedziała dr Milena Kindziuk.

Autorka filmu dokumentalnego "Cud Prawdy" i parafianka księdza Jerzego Popiełuszki, Anna Pietraszek, wspomina chwile tuż po zaginięciu kapłana oraz moment, gdy parafianie dowiedzieli się o jego śmierci. Jak mówi, dużo było parafian, którzy byli pewni, że władze nie posuną się do niczego "aż tak strasznego". "To straszna chwila, kiedy usłyszeliśmy, że ksiądz nie żyje. Wtedy zawalił się świat, myśleliśmy, że przegrywamy, że komuna nas zaleje, że wszystko stracone" - powiedziała Anna Pietraszek.

W związku z rocznicą porwania i śmierci błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki w sobotę o 18:00 w kościele p.w. św. Stanisława Kostki na stołecznym Żoliborzu zostanie odprawiona uroczysta msza święta w intencji kanonizacji kapłana.

19 października, w rocznicę porwania błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki obchodzony jest Narodowy Dzień Pamięci Duchowych Niezłomnych.