Wzniesiony przez franciszkanów we wczesnym średniowieczu, pozostawał świątynią klasztorną do czasów reformacji - mówi pallotyn ks. Stanisław Flis, duszpasterz ludzi morza. - Potem był kościołem szpitalnym, przejęli go reformaci, za czasów Napoleona był stajnią, potem był magazynem teatralnym, później był halą targową, praktycznie do wojny.

Po zniszczeniach wojennych przeszedł kapitalny remont i przekazano go pallotynom, którzy w 1957 roku przybyli do Szczecina. Akcentem morskim w kościele jest kaplica morska.

- W tablicach upamiętniamy katastrofy morskie polskich statków, czy statków z polskimi załogami. Dwanaście tablic z nazwami statków, z datami katastrof. Inicjatywa tej kaplicy powstała w 25. rocznicę katastrofy promu Jan Heweliusz - mówi ks. Flis.

W niedzielę w południe w kościele pallotynów msza św. w intencji ludzi morza.