Prom kursował na linii Tallin-Sztokholm. W feralną noc znajdowało się na nim 989 osób, większość pasażerów stanowili Szwedzi. Na Bałtyku panował wtedy sztorm, a siła wiatru sięgała 8 stopni w skali Beauforta. Statek zatonął około godziny 1.25. Dzięki podjętej akcji ratowniczej 137 osób przeżyło katastrofę.

Według oficjalnego raportu międzynarodowej komisji z 1997 roku przyczyną zatonięcia Estonii były wady konstrukcyjne furty dziobowej promu. Początkowo władze Szwecji deklarowały chęć wydobycia wraku statku i ciał ofiar tragedii. Jednak po kilku miesiącach politycy wycofali się ze swoich obietnic. Rządy Szwecji, Estonii i Finlandii ustanowiły miejsce katastrofy za miejsce spoczynku ofiar tragedii i zabroniły nurkowania w okolicy.

- Wciąż nie uzyskaliśmy odpowiedzi, dlaczego na dnie Bałtyku zdecydowano pozostawić wrak i ciała ofiar tej tragedii oraz dlaczego dokładnie nie ustalono przyczyn katastrofy promu - powiedział Lennart Berglund z Fundacji Rodzin Ofiar Promu Estonia. Wniosek organizacji o wszczęcie przez estoński rząd ponownego dochodzenia w tej sprawie rozpatruje obecnie sąd w Tallinie.

Wrak statku spoczywa na głębokości ponad 80 metrów na wodach międzynarodowych w okolicy wyspy Utö. Miejsce patrolowane jest przez fińską straż przybrzeżną.